Theo như Hiệp hội Tâm thần học Hoa Kỳ, việc điều trị Bức bối giới có thể bao gồm tư vấn, trị liệu hormone, kìm nén quá trình dậy thì và phẫu thuật định giới. Ở một số người trưởng thành, họ có thể có khát khao được trở thành một giới khác, và được đối xử như một giới khác nhưng không có nhu cầu can thiệp y tế hay phẫu thuật thay đổi các đặc điểm giới tính của mình. Họ chỉ muốn được ủng hộ để có được sự thoải mái với giới của mình. Còn những người khác có thể sẽ mong muốn được can thiệp y tế, bao gồm trị liệu hormone và phẫu thuật định giới. Tuy vậy, một số có thể sẽ chỉ chọn hoặc trị liệu hormone hoặc phẫu thuật định giới mà thôi.[33]

Theo tiến sĩ Paul R. McHugh – trưởng khoa tâm thần của Bệnh viện Johns Hopkins kiêm Giáo sư tâm thần với danh hiệu phục vụ xuất sắc (Distinguished Service Professor) nói về việc muốn đổi giới tính (Transgenderism) là một rối loạn tâm thần và cần được điều trị, chuyển đổi giới tính thực ra là điều “không thể làm được về mặt sinh học”. Những người cổ vũ hợp pháp hóa việc phẫu thuật chuyển giới thực ra đang ủng hộ việc bệnh nhân rối loạn tâm thần tự tàn phá cơ thể mình, trong khi lẽ ra phải giúp họ tìm cách chữa trị về tâm thần. Phẫu thuật chuyển đổi giới tính không phải là cách giải quyết cho những người mang chứng rối loạn định dạng giới. Tiến sĩ McHugh nói[34]:

Những người lập chính sách và truyền thông đã không đưa ích lợi gì đến cho công chúng hoặc những người nghĩ rằng giới tính của họ không đúng với thể chất. Trái lại, họ bóp méo bản chất rối loạn tâm thần của những người này thành một dạng "nhân quyền cần được bảo vệ" hơn là một rối loạn tâm thần cần có sự thông hiểu, điều trị và phòng ngừa.Cảm giác mãnh liệt về việc sinh ra không đúng giới tính của mình đã tạo nên một rối loạn tâm thần theo hai khía cạnh. Khía cạnh thứ nhất là sự không tương ứng với thực tại thể chất. Khía cạnh thứ hai là cảm giác này có thể đưa đến kết quả tâm lý rất đáng sợ. Đây là một rối loạn tâm thần gây hại tương tự như một người gầy ốm nhưng lại chán ăn và luôn nghĩ họ thừa cân.Những người ủng hộ chuyển giới không muốn biết rằng những nghiên cứu cho thấy khoảng 70-80% trẻ em bộc lộ những cảm giác rối loạn giới tính đã mất đi những cảm giác này một cách tự nhiên theo thời gian. Và vì thế, chúng tôi (Bệnh viện Johns Hopkins) đã ngừng phẫu thuật chuyển giới, vì làm hài lòng một bệnh nhân tâm thần không thể là lý do biện minh cho việc cắt cụt những bộ phận bình thường của cơ thể họ.Thay đổi giới tính vốn là điều không thể làm được về mặt sinh học. Những người phẫu thuật chuyển giới không thay đổi từ nam sang nữ hoặc ngược lại. Trái lại, họ là những người nam bị nữ hoá hoặc người nữ bị nam hoá. Các tuyên bố kiểu như "chuyển đổi giới tính là quyền dân sự" và việc hợp pháp hóa phẫu thuật chuyển giới trong thực tế chính là sự cổ súy cho bệnh nhân rối loạn tâm thần."

Theo đó, việc điều trị rối loạn định dạng giới cần được tập trung vào việc phát hiện sớm những hành vi lệch lạc giới tính ngay từ trẻ nhỏ, sau đó việc điều trị tâm lý cần được tiến hành để bệnh nhân tự cảm thấy chấp nhận giới tính của cơ thể, không còn thấy khó chịu cũng như không còn mong muốn phẫu thuật chuyển giới nữa.

Trẻ em trước tuổi dậy thì

Câu hỏi về việc có nên tư vấn để trẻ nhỏ chấp nhận với giới tính được xác định của chúng, hay nên khuyến khích chúng tiếp tục thể hiện những hành vi không phù hợp với giới tính được xác định - hay khám phá về chuyển giới - vẫn đang gây tranh cãi. Các nghiên cứu tiếp theo về trẻ em mắc chứng bức bối giới luôn cho thấy phần lớn không còn cảm thấy muốn chuyển giới khi đến tuổi dậy thì và thay vào đó xác định mình là đồng tính nam hay đồng tính nữ.[35][36][37] Các bác sĩ lâm sàng khác cũng chỉ ra rằng rằng một tỷ lệ đáng kể trẻ nhỏ được chẩn đoán mắc chứng bức bối giới sau đó không còn biểu hiện bất kỳ chứng bức bối nào.[38]

Một buổi trị liệu của trẻ có thể bao gồm một nhóm các chuyên gia đa ngành về sức khoẻ, bao gồm một bác sĩ nhi khoa, một bác sĩ tâm lý, các chuyên gia về sức khoẻ tâm thần khác, một bác sĩ về nội tiết tố (chuyên gia trong những tình trạng liên quan tới nội tiết tố ở trẻ nhỏ), và một người ủng hộ. Trị liệu có thể tập trung khẳng định sự hỗ trợ về mặt tâm lý, giúp trẻ hiểu hơn về cảm giác của mình, đối phó với sự bức bối, và tạo cho trẻ một không gian an toàn để thể hiện những cảm giác của mình. Đối với nhiều trẻ, cảm giác ấy không theo tới thời niên thiếu và tuổi trưởng thành.[33]

Ở một số cơ sở y tế, các chuyên gia điều trị bức bối giới ở trẻ em đã bắt đầu giới thiệu và kê toa hormones, được gọi là thuốc ức chế dậy thì, để trì hoãn việc dậy thì cho đến khi một đứa trẻ được cho là đủ tuổi để đưa ra quyết định có căn cứ về việc phẫu thuật chuyển giới có phải là điều mang lại lợi ích tốt nhất cho người đó hay không.[39]

Điều trị sinh lý

Phương pháp điều trị sinh lý làm thay đổi các đặc điểm giới tính sơ cấp và thứ cấp để giảm sự khác biệt giữa cơ thể của một cá nhân và bản dạng giới.[40] Phương pháp điều trị sinh lý cho bức bối giới mà không kèm với bất kỳ hình thức trị liệu tâm lý nào là khá hiếm. Các nhà nghiên cứu đã phát hiện ra rằng nếu các cá nhân bỏ qua liệu pháp tâm lý trong điều trị bức bối giới, họ thường cảm thấy lạc lõng và bối rối khi phương pháp điều trị sinh học của họ hoàn tất.[41]

Liệu pháp tâm lý, liệu pháp thay thế hormone và phẫu thuật định giới cùng nhau có thể điều trị bức bối giới hiệu quả khi tuân thủ các tiêu chuẩn chăm sóc WPATH.[42] Mức độ hài lòng chung của bệnh nhân đối với cả phương pháp điều trị tâm sinh lý là rất cao.[43]

Vào tháng 4 năm 2011, Dịch vụ Đạo đức Nghiên cứu Quốc gia Vương quốc Anh đã phê duyệt việc kê đơn thuốc tiêm ức chế dậy thì hàng tháng cho trẻ vị thành niên từ 12 tuổi, để họ có thể lớn lên trước khi quyết định thay đổi giới tính chính thức. Tổ chức Quỹ tín thác T&P của Tavistock và Portman ở Bắc Luân Đôn đã điều trị với những đứa trẻ như vậy. Giám đốc phòng khám, bác sĩ Polly Carmichael nói, "Chắc chắn, trong số những đứa trẻ từ 12 đến 14 tuổi, có một số bạn nhỏ rất muốn điều trị. Tôi biết gia đình chúng khá là khó khăn khi biết rằng có một cái gì đó có sẵn nhưng nó không có sẵn ở đây". Phòng khám đã nhận được 127 lượt điều trị bức bối giới trong năm 2010.[44]

T&P đã hoàn thành thử nghiệm kéo dài ba năm để đánh giá các lợi ích và rủi ro về tâm lý, xã hội và thể chất đối với các bệnh nhân từ 12 đến 14 tuổi. Thử nghiệm được coi là thành công và các bác sĩ đã quyết định sản xuất thuốc rộng rãi hơn và sản xuất thuốc cho trẻ em từ 9 tuổi. Gần đây, năm 2009, hướng dẫn quốc gia tuyên bố rằng việc điều trị chứng bức bối giới không nên bắt đầu cho đến khi tuổi dậy thì đã kết thúc. Dược phẩm Ferring sản xuất thuốc Triptorelin, được bán trên thị trường dưới tên Gonapeptyl, với giá £82 mỗi liều hàng tháng. Việc điều trị có thể đảo ngược, có nghĩa là khi ngừng thuốc, cơ thể sẽ trở về trạng thái trước đó.

Điều trị tâm lý

Cho đến những năm 1970, tâm lý trị liệu là phương pháp điều trị chính cho chứng bức bối giới và chung quy là được định hướng để giúp người bệnh điều chỉnh giới theo các đặc điểm giới tính thể hiện khi sinh. Tâm lý trị liệu là bất kỳ tương tác trị liệu nào nhằm mục đích điều trị một vấn đề tâm lý. Mặc dù một số bác sĩ lâm sàng vẫn chỉ sử dụng trị liệu tâm lý để điều trị bức bối giới, giờ đây nó có thể đi kèm với các biện pháp can thiệp sinh học.[43] Điều trị tâm lý bức bối giới liên quan đến việc giúp bệnh nhân thích nghi, nỗ lực làm giảm bớt bức bối giới bằng cách thay đổi bản dạng giới của bệnh nhân cho phù hợp với giới tính sinh học là không hiệu quả.[42]

Trị liệu tâm lý cá nhân có thể giúp một người hiểu và khám phá ra cảm giác cũng như đối phó với sự bức bối và mâu thuẫn của anh ấy/cô ấy/họ. Trị liệu theo cặp, hay trị liệu theo gia đình có thể giúp cải thiện sự thấu hiểu và nâng cao sự ủng hộ từ mọi người xung quanh. Cha mẹ của trẻ có mắc Bức bối giới cũng có thể được hưởng lợi từ những buổi tư vấn.[33]